在使用蜂窝活性炭一般是不可以像平时一样进行简单的清洗用来清除堵塞在活性炭孔隙中的杂物。使用活性炭一定要注意定期更换，以避免因“吸附饱和”而丧失功效。而且不要等它失效了再更换，这样才能保证活性炭能持续去除水族箱水质中的有害物质。蜂窝活性炭厂家建议大家每月更换一两次活性炭。
用蜂窝活性炭处理水质的效率与其处理用量有关，一般是“用量多也比较好”。用定量分析的蜂窝活性炭，在使用初期应经常观察到水质的变化，注意观察到的结果可作为判断活性炭失效时间的依据之一。如果在治疗鱼病时，蜂窝活性炭应暂时移除，并暂停使用。避免药物被活性炭吸附而降低疗效。
使用蜂窝活性炭时一定要先清洗去除掉粉尘，因为这些粉尘如果不去除，有可能暂时会影响水质的清洁度。但建议不要直接用新鲜的自来水冲洗，这是因为蜂窝活性炭的有多个孔隙一旦吸附大量自来水中的氯以及漂白粉，在随后放置到过滤器中使用时对水质造成的破坏。
储存或运输过程中，应防止直接接触火源，以防火灾。在运输过程中，不要用铁钩拖拽，避免与硬物混合，避免强烈震动、摩擦、踩踏、粉碎，禁止抛掷，轻卸，减少碳粒破碎，影响使用。装载和使用时，应先将搬运产生的颗粒和灰尘筛出。
